Ⅱ级保护的有猕猴，藏酋猴，穿山甲，豺，黑熊，青鼬，水獭，小爪水獭，斑林狸，大灵猫，小灵猫，金猫，林麝，河麂，水鹿，苏门羚，斑羚，近年来的调查表明，过去资源较多的种，如小麂、赤鹿、穿山甲、水獭等明显减少；以往尚可有时见到的种，如林麝、班羚、华南虎、豹、豺、黑熊等很少发现了；一些在区内或外围地带有过记录的种类如梅花鹿、河麂、黑麂、熊猴等，近年来未发现；其中华南虎、班羚、豹、梅花鹿等已处于濒临灭绝的边缘。
广东南岭国家级自然保护区鸟类属于国家Ⅰ级保护的有黄腹角雉，白颈长尾雉；属于国家Ⅱ级保护的有黄嘴白鹭，鸳鸯，凤头鹃隼，鸢，褐耳鹰，赤腹鹰，凤头鹰，松雀鹰，普通鵟，鹰雕，灰睑鵟鹰，白腹山雕，蛇雕，小隼，游隼，燕隼，红隼，白鹇，勺鸡，绿皇鸠，班尾鹃鸠，褐翅鸦鹃，小鸦鹃，草鸮，粟鸮，领角鸮，雕鸮，领鸺鹠，班头鸺鹠，鹰鸮，褐林鸮，灰林鸮，短耳鸮等。
广东南岭国家自然保护区属于国家Ⅰ级保护的昆虫有金斑喙凤蝶；属于国家级Ⅱ级保护的有长臂金龟等。
广东南岭国家级自然保护区物种多样性丰富，与南岭所处的地理环境有关。在生物进化的历史过程中，晚古生代，华夏地理区处于温湿的气候环境和浅海之中，有利于陆生生物的进化发展，形成繁茂的华夏植物群；中生代，秦岭——大别山一带以南保持热带气候环境，成为裸子植物繁盛、被子植物形成和发展的中心，对爬行类 |
|
